گروه‌های این پژوهشكده:
1. گروه قرآن و حدیث
همانگونه كه گروه علوم قرآن و حدیث در حوزه آموزش جامعة المصطفی (ص) تعریف گردیده و در مدارس مختلف داخل و خارج از فعال‌ترین گروه‌ها به‌شمار می‌رود و نیز برای پشتیبانی علمی و پژوهشی سایر فعالیت‌های قرآنی جامعة المصطفی (ص) در نمایندگی‌های داخل و خارج، گروه علوم قرآن و حدیث در پژوهشكده شكل می‌گیرد. بدیهی است رویكرد عمده و فصل ممیز آن با سایر گروه‌های علوم قرآن موجود در مراكز پژوهشی داخل كشور، برخورداری این گروه از رویكرد بین‌المللی و مكمنیت آن نسبت به گروه‌های آموزشی به‌ویژه در بخش تدوین متون و نیز پاسخ‌گویی به شبهات مستشرقان و چالش‌های فراروی مسائل قرآنی و شناسایی و نقد جریان‌های مطالعاتی علوم قرآنی در سایر كشورهای اسلامی خواهد بود.
2. گروه فقه و اصول
جامعة المصطفی (ص) به عنوان نهادی حوزوی به حوزه فقه و اصول با نگاهی راهبردی در آموزش و پژوهش جامعة المصطفی (ص) توجه نموده و بخش قابل توجهی از آموزش خود را به این گروه اختصاص داده است.
پشتیبانی علمی پژوهشی از گروه‌های آموزشی، تامین نگاه‌ها و رویكردهای بین‌المللی جامعة المصطفی (ص) در مطالعات فقه و اصول ، پرداختن به شبهات و چالش‌های معاصر فقه و اصول، اهتمام به مسائل مستحدثه فراروی جامعة المصطفی (ص) و مسلمانان خارج كشور، مطالعات تطبیقی فقه و اصول با جریان‌های مطالعاتی كشورهای اسلامی و مطالعات میان رشته‌ای فقه و اصول و علوم جدید، از اولویت‌های این گروه می‌باشد.
3. گروه فلسفه و كلام و عرفان نظری
همانگونه كه در حوزه آموزش، فلسفه و عرفان و كلام با هم ملاحظه شده است و نیز به علت اهمیت پرداختن به فلسفه و عرفان به‌عنوان بخشی از امتیازات نسبی عقلانیت و معنویت شیعی و نیز استقبال فراوان موجود در برابر این عرصه، گروه فلسفه و كلام و عرفان نظری به‌شكل مستقل محل بحث و نظر و پژوهش می‌شود تا از این ظرفیت حداكثر بهره‌برداری پژوهشی شده و نیز مجال نقد و نظر و بررسی آراء و انظار گوناگون در عرصه بین‌الملل و معرفی میراث عظیم فلسفی و عرفان فراهم گردد. بدیهی است در این گروه صرفاً به عرفان نظری در كنار فلسفه پرداخته شده و عرفان عملی در گروه اخلاق طراحی گردیده است. مطالعه و بررسی و نقد مطالعات فلسفی و عرفانی در كشورهای اسلامی و غیر اسلامی و شناسایی شبهات، خلأهای فكری و كاستی‌های فلسفه و عرفان شیعی و اهتمام به كلام جدید و قدیم با رویكردی بین‌المللی از دیگر اولویت‌های این گروه خواهد بود.
4. گروه ادیان
جامعة المصطفی (ص) به‌عنوان یك نهاد علمی فرهنگی بین‌المللی در تقابلی فرهنگی و تمدنی با سایر تمدن‌ها و ادیان و فرهنگ‌ها قرار داشته و شناسایی و تدبیر و جهت‌دهی به این مواجهه از ضرورت‌هاست. گستردگی فعالیت جامعة‌المصطفی(ص) به‌ویژه در كشورهای با اقلیت مسلمان نیز، حوزه وسیع مطالعاتی پیرامون ادیان را فراروی جامعه قرار داده است كه عدم مطالعه تبیین و بررسی دقیق آن، ظرفیت‌ها و فرصت‌های فراوانی را معطل گذاشته و بلكه می‌تواند تهدیدها و چالش‌هایی را ایجاد نماید. با این كه این گروه در نگاه اول ارتباط مستقیمی با حوزه علوم اسلامی ندارد اما برای اینكه نقد و بررسی مقایسه‌ای ادیان با دین اسلام مورد اهتمام و دغدغه اصلی گروه باشد و مطالعات از حالت تبیینی صرف خارج شود، این گروه در پژوهشكده علوم اسلامی جای گرفته است تا رنگ و بوی مطالعات تطبیقی و مقایسه‌ای و نگاه نقادانه در ابعاد و اضلاع فعالیت‌های این گروه جاری و ساری باشد. همچنین پشتیبانی علمی از گروه‌ها و مطالعات آموزشی این حوزه به‌ویژه تدوین متون از اولویت‌ها این گروه است.
5. گروه فرق و مذاهب
اهمیت پرداختن به فرق و مذاهب اسلامی به‌عنوان بخش قابل توجهی از دنیای اسلام و متولیان بزرگترین رقبای جامعة المصطفی (ص) كه در فعالیت‌های جامعة المصطفی(ص) نیز جایگاه خاص خود را دارد و نیز وظیفه خطیر دفاع از حریم دین و مذهب از دغدغه‌ها اصلی پژوهشگاه المصطفی(ص) است؛ لذا در جلسات كارشناسی پیشنهاد جدا شدن مذاهب از گروه ادیان مطرح شد تا در فضایی استقلالی در كنار حوزه فرق و مذاهب اسلامی به شبهات و چالش‌های فراروی مكتب اهل بیت در نگاهی مقایسه‌ای و تطبیقی با مذاهب اسلامی اهتمام شود. شناسایی مبانی معرفتی جریان‌های اسلامی كشورهای اسلامی، مطالعه نقادانه اقلیت‌های اسلامی، حمایت از فعالیت‌های جامعة‌المصطفی(ص) در حوزه مذاهب اسلامی و آموزش اهل سنت و مواجهه علمی با مسأله تقریب و وحدت اسلامی از دیگر اولویت‌های این گروه خواهد بود.
6. گروه تاریخ اسلام و سیره
حوزه خاص فعالیت این گروه حوزه تاریخ اسلام و به ویژه تاریخ و سیره ائمه معصومین(علیهم‌السلام) می‌باشد، این گروه به‌موجب تصریح بیشتر در مأموریت‌ها و سیاست‌های گروه به‌عنوان تاریخ اسلام و سیره نامیده گردید تا بتواند به درستی نقش قرون اولیه در ارتقاء جامعه اسلامی را برای قرون بعد نشان دهد و همچنین پشتیبان و مكمل فضای آموزشی جامعة‌المصطفی(ص) در عرصه تاریخ گردیده و از پرداختن به اولویت‌های غیر ضروری پرهیز نماید. با این حال سیاست اصلی مطالعاتی این گروه اهتمام به رویكرد بین‌المللی و نقد و بررسی مبانی و جریان‌های رقیب و معاند و ترسیم افق‌های جدید در عرصه تاریخ اسلام می‌باشد.
7. گروه ادبیات عرب
نظر به اینكه حوزه ادبیات به ویژه ادبیات عرب ارتباط تنگاتنگی با حوزه علوم اسلامی داشته و در شرایط كنونی در جامعة‌المصطفی(ص) پا به پای علوم اسلامی رشد و ارتقاء یافته است، گروهی به همین نام جهت كمك به تدوین متون درسی و پشتیبانی علمی و محتوایی از این حوزه و شناسایی و معرفی جریان‌های مطالعاتی مطرح در دنیای اسلام و تبادل ظرفیت‌ها و امكانات و قابلیت‌ها طراحی شده است.