گروه‌های این پژوهشكده عبارتند از:
1- گروه مطالعات اندیشه‌های امام و رهبری
مطالعه و بررسی اندیشه‌های امام و رهبری به عنوان شاه‌كلید اندیشه‌های ناب اسلامی و ترجمه و نشر و بومی‌سازی آن برای مخاطبان خارج كشور و طراحی آن در اندیشه‌ها و برنامه‌های طلاب جامعة المصطفی (ص) از ضرورت‌های اجتناب‌ناپذیر است. عدم آشنایی بسیاری از طلاب با این حوزه و اشراب ضعیف آن در برنامه‌های مختلف آموزشی، پژوهشی، تربیتی، تكلیفی مضاعف را ایجاد نموده كه ادای آن، راه قویم را از بسیاری از كجراهه‌ها و بیراهه‌ها متمایز نموده و صراط مستقیم اسلام ناب را مبین و مشخص می‌سازد.
2- گروه مطالعات روحانیت و حوزه‌های علمیه
نهاد جامعة المصطفی (ص) به عنوان نهادی حوزوی كه بر تحفظ هویت حوزوی خود اصرار می‌ورزد ناگزیر از مطالعه و بررسی و تدوین همه تجارب موفق حوزه‌های علمیه و بررسی ابعاد و ظرفیت‌ها و فرصت‌ها و تهدیدها و آسیب‌های نهاد روحانیت بوده و لازم است با رصد جریان‌های موجود و مبتنی بر تجارب گذشته به آینده‌ای هدفدار و جهت‌مند و افقی بلند توجه نماید. مطالعه، تدوین و بهره‌گیری از تجارب حوزه‌های علمیه در سراسر دنیای اسلام و تدوین تاریخ حوزه علمیه و نیز تدوین تاریخ جامعة المصطفی (ص) از دیگر ضرورت‌های این گروه است.
3- گروه انقلاب اسلامی
مطالعه و تبیین و تبلیغ انقلاب اسلامی و ابعاد مختلف نظری و عملی آن، مؤلفه‌ها و عناصر اساسی و بنیادین انقلاب و ریشه‌های انقلاب اسلامی، عوامل تداوم و تقویت انقلاب، عوامل ركود و انحراف از مسیر انقلاب و... از جمله ضرورت‌های مطالعاتی و پژوهشی جامعة‌المصطفی(ص) است كه آن را برای طلاب جامعة المصطفی (ص) و نیز همه مسلمانان و مخاطبان در خارج كشور تبیین و تدقیق و ارائه نماید. بومی‌سازی ادبیات انقلاب اسلامی برای مناطق و كشورهای مختلف از جمله فعالیت‌های این گروه است.
4- گروه مردم سالاری دینی
تبیین و تدقیق نظریه مردم‌‌سالاری دینی به‌عنوان تجربه گران‌سنگ انقلاب اسلامی و نیاز محوری بشریت امروز و بررسی مقایسه‌ای آن با نظریات و مبانی معرفتی دیگر نظام‌های حكومتی و سیاسی و انتقال آن به مردم سراسر دنیا به‌ویژه مشتاقان دیدگاه‌های نوین ضداستكباری و تشنگان عدالت و انسانیت از رسالت‌های مهم جامعة المصطفی (ص) است كه این گروه می‌تواند به این مهم بپردازد. مطالعات این گروه قابلیت استفاده در همه نظام‌های آموزشی و همه رشته‌های آموزشی داخل و خارج را خواهد داشت.